En 1957 se iniciaron labores académicas para el grado 1° de Bachillerato y funcionó con el nombre de COLEGIO DE MARIA INMACULADA Administrado por las Monjas teresitas, colegio solo para Mujeres.
I958 se implementó el 2° Bachillerato
Mediante ordenanza departamental Nro. 31 de 1966 fue creado el Liceo Departamental Mixto Getsemaní de Toledo Anexo al Liceo San José de la Montaña. Donde podemos hablar de algunos principales fundadores como son LEONEL SEPULVEDA. A y JOSÉ MARIA JARAMILLO Quienes se desempeñaron como rectores de este establecimiento Educativo
En 1968 se anexó el 5° de primaria al Liceo Getsemaní.
En 1971 Sucesivamente se permitieron los estudios hasta el grado 4° de bachillerato donde se contaba con 112 alumnos y su rector para ese entonces fue el señor RAMIRO RESTREPO.
En 1972 se presentó cambio de rector y asumió la dirección el señor LUIS JAIRO YEPEZ MUNERA
Luego en el año 1974 queda anexo al Liceo Departamental mixto JUAN XXIII de San Andrés de Cuerquia bajo la dirección de la Hermana Magola Jaramillo Velásquez. (Rectora del Juan XXIII)
El 16 de Julio de ese mismo año asume la rectoría por encargo don Gustavo Giraldo.
Para el año 1975 la dirección estuvo a cargo de la rectora del Juan XXIII de san Andrés de Cuerquia
En el año 1981 se implementó la Educación Media para ese entonces 5° y 6° de Bachillerato; la primera promoción de Bachilleres con modalidad académica fue graduada el día 17 de diciembre del año 1983, bajo la Dirección del Presbítero Otoniel Valderrama Agudelo con su secretaria María Cecilia Mesa de Piedrahita.
Sucesivamente en el año 1983 recibe el Nombre de IDEM TOLEDO.
En el año 1988 y por ordenanza Nro. 30 del 14 de diciembre toma el Nombre de IDEM J. EMILIO VALDERRAMA AGUDELO.
En el año 1996 toma el nombre de Liceo J Emilio Valderrama Agudelo.
En 1999 se fusiona la Escuela Guillermo León Valencia con el Idem J Emilio Valderrama Agudelo tomando como nombre Colegio J Emilio Valderrama Agudelo
El 25 de octubre de 2002 y mediante resolución Departamental Nro 15029 todos los establecimientos Educativos que ofrecen Educación Formal de Preescolar a 11° se denominaran Instituciones Educativas.
Por ello toma el nombre de Institución Educativa J Emilio Valderrama Agudelo nombre que aún conserva hasta el año 2008.
En el año 1996 renuncia a la Rectoría el Presbítero OTONIEL VALDERRAMA AGUDELO, Quien realizó su última graduación el 12 de marzo de 1996, después de permanecer como rector por espacio de 14 años. Acompañado de su secretaria Alba Nelly Valencia.
En mayo 23 de 1996 asume la rectoría por encargo el señor MARCOS Villareal jefe de núcleo del Municipio de Toledo quien al día siguiente decide trasladar personal docente y alumnos a la nueva planta Física de la Institución, situada al frente de la entonces Escuela Urbana Integrada GUILLERMO LEÓN VALENCIA.
En agosto 02 de 1996 es nombrado rector de esta Institución el señor DIEGO SARRAZOLA ECHEVERRY quien permaneció en el cargo por menos de dos meses; siendo reemplazado por el señor RUBEN DARIO MESA PIEDRAHITA, nombrado el día 22 de septiembre de 1996, permaneciendo en el cargo hasta el día 21 de febrero de 1997 fecha en la que fue trasladado.
A partir del 22 de febrero de 1997 se encarga de la rectoría la señora LUZ MARINA MARTINEZ GIRALDO, jefe de Núcleo HASTA EL DÍA junio 04 del mismo año fecha en la que fue nombrada como rectora la señora MARGARITA MARIA VILLA LOPERA, rectora del Liceo hasta el día 08 de octubre del año 2000 fecha en la que fue trasladada.
El día 20 de octubre el director de Núcleo FRANCISCO ANTONIO MAZO ARENAS asume la rectoría en encargo con el objetivo de finalizar el año lectivo escolar y no afectar la graduación de los bachilleres año 2000.
En enero 09 del año 2001 a febrero 06 del año 2004 ejerció como rectora encargada de la Institución la señora CARMEN ZOELIA ZAPATA
EL 17 de mayo de 2004 se posesionó como rectora encargada la licenciada MARIA GLADYS LOPERA PINEDA quien terminó su encargo el día 16 de agosto de 2006 con el nombramiento en periodo de prueba de la señora DORA ISABEL ZAPATA CUADROS Quien ejerció hasta el 16 de Julio de 2007.
El 17 de Julio del año 2007 se posesiona nuevamente como Rectora encargada de la Institución la señora MARIA GLADYS LOPERA PINEDA, quien ejerce hasta el día 15 de Julio de 2008.
El 16 de Julio de 2008 es nombrada rectora en periodo de prueba la señora LUZ ELENA ALVAREZ RICO quien ejerció hasta el día 27 de octubre de 2010 fecha en la que llega como rector En Período de prueba el señor CARLOS ARTURO BOLIVAR GOMEZ.
Nuestra Institución a fecha diciembre de 2011 a realizado 29 promociones de bachilleres de las cuales 4 han sido en modalidad Agropecuaria y 25 en modalidad académica, con un total de 545 Bachilleres.
El 31 de diciembre del año 2014 mediante Resolución S227179 se realiza una reorganización y se fusionan diez (10) sedes Rurales (Brugo, El Moral y El Toro, Palo Blanco, San Francisco, la Florida, Gustavo Alonso Gómez Barrera, El Valle, Miraflores Taque y San Jairo del Cántaro y pasan a la I.E.J. Emilio Valderrama Agudelo.